Chào bạn.
Vấn đề của cty bạn tại bạn kg nói rỏ cụ thể có KDSX thêm ngành nghề nào khác chịu thuế GTGT hay kg (vấn đề này liên quan đến việc phân bổ thuế GTGT đầu vào được khấu trừ), nên mình chỉ tư vấn sẽ xảy ra những trường hợp như sau :
1) Nếu chỉ SX phần mềm và web (kg chịu thuế GTGT) : Thì toàn bộ thuế GTGT đầu vào của bạn hiển nhiên là phục vụ cho việc SXKD những mặt hàng kg chịu thuế việc này dẫn đến thuế GTGT đầu vào sẽ kg được khấu trừ mà đưa vào chi phí hoặc giá thành sản phẩm. Nếu trên tờ khai thuế GTGT hàng tháng bạn đã kê khai khấu trừ rồi thì chỉ làm mẫu 01KHBS điều chỉnh lại.
2) Nếu cty bạn có KDSX thêm những mặt hàng khác bán ra chịu thuế GTGT : lúc này dẫn đến các trường hợp như sau :
a) Nếu xác định được chi phí đầu vào nào phục vụ cho việc SXKD những mặt hàng bán ra kg chiụ thuế, thì thuế GTGT của những hoá đơn đầu vào này kg được khấu trừ. CP đầu vào nào phục vụ cho việc SXKD những mặt hàng bán ra chịu thuế, thì thuế GTGT đầu của những hoá đơn này được khấu trừ hết.
b) Nếu kg xác định được CP đầu vào nào phục vụ cho việc SXKD những mặt hàng chịu thuế và kg chịu thuế thì toàn bộ thuế GTGT đầu vào của những hoá đơn này phải phân bổ theo tỷ lệ doanh thu của hàng hoá bán ra chịu thuế và kg chịu thuế.
Bạn có thể tham khảo những trường hợp này mà áp dụng cho đúng với cty của mình. Nếu để ý kỹ bạn có thể thấy trên tờ khai thuế GTGT hàng tháng có tách riêng ra từng mục như vậy.
Còn nếu bạn chỉ kê khai nhầm mục doanh thu bán ra kg chịu thuế vào mục thuế 0% thì bạn chỉ cần làm công văn giải trình gửi cơ quan thuế là xong.