Theo qui định mới nhất thì Chi nhánh và Cty cùng Tỉnh (Thành phố) thì sẽ dùng chung MST với Cty. Do đó, nếu có kinh doanh bán hàng thì vẫn xuất HĐ GTGT nhưng trên tờ HĐ sẽ có 2 dấu của Cty và Chi nhánh ngay tên đơn vị bán hàng, còn ở dưới (Thủ trưởng đơn vị hoặc Giám Đốc thì sẽ dùng dấu của nơi xuất HĐ. Tóm lại, Chi nhánh sẽ dùng HĐ GTGT do Cty mua và cấp lại cho Chi nhánh vì Chi nhánh không có MSTriêng). Thuế GTGT thì Chi nhánh (nếu có Doanh thu) sẽ nộp tại nơi đặt Chi nhánh. Thuế TNDN thì chỉ có Cty đóng mà thôi. Vì dù có bán hàng nhưng tất cả đều do Cty hạch toán, quyết toán thuế GTGT và thuế TNDN với NN. Mọi số liệu đều chuyển về Cty theo hình thức báo sổ. Chi nhánh phụ thuộc không phải nộp thuế MB vì đâu có đăng ký vốn.
Riêng với Chi nhánh và Cty khác Tỉnh (Thành phố) thì Chi nhánh được cấp MST riêng (13 số), hạch toán độc lập và có trách nhiệm nộp thuế MB, GTGT, TNDN ....với NN nếu Chi nhánh có hoạt dộng kinh doanh, có đăng ký vốn và đề nghị cấp MST để được mua HĐ riêng.
