5.6- Các cơ sở sản xuất, kinh doanh xuất điều chuyển hàng hoá cho các cơ sở hạch toán phụ thuộc như các chi nhánh, cửa hàng...ở khác địa phương (tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương) để bán hoặc xuất điều chuyển giữa các chi nhánh, đơn vị phụ thuộc với nhau; xuất trả hàng từ đơn vị hạch toán phụ thuộc về cơ sở kinh doanh; xuất hàng hoá cho các cơ sở nhận làm đại lý bán đúng giá, hưởng hoa hồng căn cứ vào phương thức tổ chức kinh doanh và hạch toán kế toán, cơ sở có thể lựa chọn một trong hai cách sử dụng hoá đơn, chứng từ như sau: Sử dụng hoá đơn GTGT để làm căn cứ thanh toán và kê khai nộp thuế GTGT ở từng đơn vị và từng khâu độc lập với nhau;
Sử dụng Phiếu xuất kho kiêm vận chuyển nội bộ do Bộ Tài chính (Tổng cục Thuế) phát hành kèm theo Lệnh điều động nội bộ đối với hàng hoá điều chuyển nội bộ; sử dụng Phiếu xuất kho hàng gửi bán đại lý do Bộ Tài chính (Tổng cục Thuế) phát hành đối với hàng hoá xuất cho cơ sở làm đại lý kèm theo Lệnh điều động nội bộ. Các cơ sở sản xuất, kinh doanh chỉ thực hiện một trong hai cách sử dụng hoá đơn, chứng từ nêu tại điểm này, trước khi thực hiện phải thông báo bằng văn bản với cơ quan thuế trực tiếp quản lý cơ sở.
Cơ sở hạch toán phụ thuộc, cơ sở nhận làm đại lý bán hàng hoá dưới các hình thức thì khi bán hàng phải lập hoá đơn theo quy định, đồng thời lập Bảng kê hàng hoá bán ra (theo mẫu số 02/GTGT ban hành kèm theo Thông tư này) gửi về cơ sở có hàng hoá điều chuyển đến hoặc hàng hoá gửi bán đại lý để các cơ sở này lập hoá đơn GTGT cho hàng hoá thực tế tiêu thụ. Trường hợp cơ sở có số lượng và doanh số hàng hoá bán ra lớn, Bảng kê có thể lập cho 05 ngày hay 10 ngày một lần. Trường hợp hàng hoá bán ra có thuế suất thuế GTGT khác nhau phải lập bảng kê riêng cho hàng hoá bán ra theo từng nhóm thuế suất.