Về nguyên tắc thì khi xuất hàng bên bán phải kèm theo hóa đơn ngay. Nhưng do đặc thù của ngành xây dựng là thường hay mua nợ nên các nhà cung cấp thường chỉ xuất hóa đơn sau khi nhận được tiền, do vậy mới có tình trạng như bạn hỏi, và tình trạng này là thường xuyên và chiếm số lớn của các chi phí xây dựng, các doanh nghiệp xây dựng hầu như đều bị như vậy.
Tuy nhiên, bạn có thể hạch toán vào chi phí bằng cách căn cứ vào phiếu xuất kho của đơn vị bán, ghi nhận công nợ theo phiếu xuất kho, cuối kỳ có biên bản đối chiếu công nợ giữa hai bên (nếu chưa xuất hóa đơn thì ghi rõ phần chưa xuất hóa đơn). Khi nhận hóa đơn thì bạn hãy hạch toán VAT. Trên thực tế còn nhiều trường hợp công trình hoàn thành năm 2006, nhưng tới tận 2008 mới có hóa đơn đầu vào ấy chứ.