Tại điểm 2 điều 9 chương 3nghị định 123/2008 ngày 08/12/2008 quy định:
2. Điều kiện khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào:
a) Có hoá đơn giá trị gia tăng của hàng hoá, dịch vụ mua vào hoặc chứng từ nộp thuế giá trị gia tăng hàng hoá ở khâu nhập khẩu, chứng từ nộp thuế giá trị gia tăng đối với trường hợp mua dịch vụ quy định tại khoản 2 Điều 2 Nghị định này.
b) Có chứng từ thanh toán qua ngân hàng đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào, trừ trường hợp tổng giá trị hàng hoá, dịch vụ mua vào từng lần có giá trị dưới 20 triệu đồng.
Đối với hàng hoá, dịch vụ mua trả chậm, trả góp có giá trị trên 20 triệu đồng, cơ sở kinh doanh căn cứ vào hợp đồng mua hàng hoá, dịch vụ, hoá đơn giá trị gia tăng và chứng từ thanh toán qua ngân hàng của hàng hoá, dịch vụ mua trả chậm, trả góp để kê khai, khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào. Trường hợp chưa có chứng từ thanh toán qua ngân hàng do chưa đến thời điểm thanh toán theo hợp đồng thì cơ sở kinh doanh vẫn được kê khai, khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào. Đến thời điểm thanh toán theo hợp đồng nếu không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng thì không được khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào, cơ sở kinh doanh phải kê khai, điều chỉnh lại số thuế giá trị gia tăng đầu vào đã khấu trừ.
Hàng hoá, dịch vụ mua vào theo phương thức bù trừ giữa giá trị hàng hóa, dịch vụ mua vào với giá trị hàng hóa, dịch vụ bán ra cũng được coi là thanh toán qua ngân hàng; trường hợp sau khi bù trừ mà phần giá trị còn lại được thanh toán bằng tiền có giá trị từ 20 triệu đồng trở lên thì chỉ được khấu trừ thuế đối với trường hợp có chứng từ thanh toán qua ngân hàng.
Trường hợp mua hàng hoá, dịch vụ của một nhà cung cấp có giá trị dưới 20 triệu đồng, nhưng mua nhiều lần trong cùng ngày có tổng giá trị trên 20 triệu đồng thì chỉ được khấu trừ thuế đối với trường hợp có chứng từ thanh toán qua ngân hàng.
