Chi phí trong thực hiện hợp đồng thiết kế chủ yếu là tiền nhân công. Ngoài ra có các chi phí khảo sát mặt bằng ( thuê xe, máy móc thiết bị thực hiện khảo sát...), chi phí nghiệm thu, thanh ý hợp đồng.... và các chi phí khác như: điện nước, văn phòng phẩm, khấu hao... cần theo dõi và ghi chép theo thực tế phát sinh hoặc phân bổ theo tỷ lệ do đơn vị xây dựng định mức và có đăng ký định mức với cơ quan thuế. Theo TT128/2008 thì chi phí tiếp khách, tiếp tân, hội nghị, quảng cáo.... tối đa không quá 15% doanh thu đối với DN thành lập mới ( kể từ 01/01/2009) và 10% đối với các đơn vị còn lại.