1. Tiền thuế, tiền phạt được coi là nộp thừa khi:
a) Người nộp thuế có số tiền thuế, tiền phạt đã nộp lớn hơn số tiền thuế, tiền phạt phải nộp đối với từng loại thuế.
b) Người nộp thuế có số tiền thuế đã nộp lớn hơn số tiền thuế phải nộp theo quyết toán thuế.
c) Người nộp thuế có số tiền thuế được hoàn theo quy định của pháp luật về thuế giá trị gia tăng, thuế tiêu thụ đặc biệt, thuế thu nhập cá nhân, phí xăng dầu.
2. Người nộp thuế có quyền giải quyết số tiền thuế, tiền phạt nộp thừa theo các cách sau:
a) Bù trừ số tiền thuế, tiền phạt nộp thừa với số tiền thuế, tiền phạt còn nợ, kể cả bù trừ giữa các loại thuế với nhau.
- Trường hợp người nộp thuế được hoàn trả đồng thời có nghĩa vụ phải nộp các khoản thu khác, nếu có đề nghị bù trừ các khoản được hoàn trả với khoản phải nộp thì phải lập Giấy đề nghị hoàn trả khoản thu NSNN theo mẫu số 01/ĐNHT ban hành kèm theo Thông tư này, trong đó ghi rõ nội dung phần đề nghị bù trừ cho khoản phải nộp, gửi cơ quan thuế nơi hoàn trả để xem xét giải quyết. Cơ quan thuế ban hành Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu NSNN theo mẫu số 02/QĐHT ban hành kèm theo Thông tư này để vừa giải quyết hoàn thuế đồng thời kết hợp thu số tiền thuế, tiền phạt còn nợ ngân sách nhà nước, gửi người nộp thuế.
Trường hợp hoàn các khoản thuế (trừ thuế GTGT, thuế TNCN) mà người nộp thuế đăng ký thuế tại một địa phương nhưng nộp thuế tại nhiều địa phương khác thì người nộp thuế được kê khai quyết toán thuế và làm thủ tục hoàn thuế tại cơ quan thuế nơi đăng ký kê khai thuế.
Đối với các khoản hoàn trả tại các địa phương được phân bổ theo tỷ lệ tính số thuế phải nộp tại nơi có trụ sở chính và các địa phương khác, khi thực hiện bù trừ các khoản thu ngân sách nhà nước trên Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu ngân sách nhà nước thì chỉ được bù trừ tương ứng với số tiền hoàn trả được phân bổ theo tỷ lệ nêu trên tại địa phương nơi có trụ sở chính và các địa phương khác.
- Sau khi thực hiện bù trừ, nếu vẫn còn số thuế phải hoàn trả, cơ quan thuế lập Lệnh hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước mẫu số 01/LHT ban hành kèm theo Thông tư này (số tiền trên Lệnh hoàn trả phải bằng số tiền nêu tại Điều 3 của Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu NSNN), gửi Kho bạc nhà nước đồng cấp để thực hiện hoàn trả cho người nộp thuế.
Trường hợp hoàn các khoản thuế (trừ thuế GTGT, thuế TNCN) mà người nộp thuế đăng ký thuế tại một địa phương nhưng nộp thuế tại nhiều địa phương khác, người nộp thuế được kê khai quyết toán thuế và làm thủ tục hoàn thuế tại cơ quan thuế nơi đăng ký kê khai thuế thì cơ quan thuế lập Lệnh hoàn trả khoản thu NSNN, trong đó tách riêng khoản phải hoàn trả của từng địa phương (mỗi địa phương phản ánh trên 1 dòng), gửi cho Kho bạc nhà nước đồng cấp trên địa bàn để thực hiện hoàn trả cho người nộp thuế.
- Trường hợp cơ quan thuế phát hiện người được hoàn thuế vẫn còn nghĩa vụ nộp các khoản thuế khác, nhưng người nộp thuế không đề nghị bù trừ số còn phải nộp trên Giấy đề nghị hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước thì cơ quan thuế thực hiện bù trừ trên Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu NSNN, gửi người nộp thuế.
b) Trừ vào số tiền thuế, tiền phạt phải nộp của lần nộp tiếp theo.
Việc bù trừ giữa số tiền thuế, tiền phạt nộp thừa với số tiền thuế phải nộp của lần nộp tiếp theo của cùng một loại thuế được thực hiện tự động trong hệ thống quản lý của cơ quan thuế.
