Về phương pháp, xuất phát từ hoạt động của Doanh nghiệp kiểm toán là DN dịch vụ, sản phẩm của nó là các hợp đồng dịch vụ, nó tính phí cho từng hợp đồng trên cơ sở phí chuẩn và chi phí được khách hàng bồi hoàn, vì vậy, phương pháp phù hợp là tập hợp chi phí và tính giá thành cho từng hợp đồng. Muốn làm được như vậy, Cty phải có một hệ thống quản lý chi phí tốt (tốt đủ để quản lý chi phí được đến từng nhân viên, kể cả nhân viên hành chính, hệ thống này nói thì đơn giản nhưng thực tế rất phức tạp và khó vận hành). Mỗi khi có hợp đồng mới, họ mở một cái mã và các chi phí phát sinh cho cái hợp đồng nào sẽ tập hợp vào mã đó, chi phí chung thì phân bổ theo một tiêu thức phù hợp. Cuối kỳ tính tổng lại và nếu dịch vụ xong rồi thì ghi nhận doanh thu và giá vốn bình thường.
Quy trình thì cũng bình thường thôi, cũng một số loại chi chủ yếu (lương, tiếp khách, đi lại...) cũng phải có kế hoạch, thực hiện, phê duyệt và ghi nhận. Tuỳ từng loại chi mà họ quy định thủ tục thanh toán, thủ tục kế toán khác nhau.
Các doanh nghiệp nhỏ thì họ làm theo phương pháp đơn giản hơn - phương pháp 1 cục.