Tất cả hàng "Sản phẩm trồng trọt (bao gồm cả sản phẩm rừng trồng), chăn nuôi, thuỷ sản, hải sản nuôi trồng, đánh bắt chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường của tổ chức, cá nhân tự sản xuất, đánh bắt bán ra và ở khâu nhập khẩu" không chịu thuế GTGT do đó cách làm như sau: (căn cứ công văn 586) Trong quá trình thực hiện từ ngày 01/01/2014, nếu doanh nghiệp, hợp tác xã nộp thuế theo phương pháp khấu trừ đã bán sản phẩm trồng trọt, chăn nuôi, thuỷ sản chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường cho doanh nghiệp, hợp tác xã và đã lập hoá đơn, kê khai, tính thuế GTGT thì người bán và người mua phải điều chỉnh hoá đơn để không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT.
Ví dụ: Công ty B là cơ sở kinh doanh nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ thu mua gạo của tổ chức, cá nhân trực tiếp trồng bán ra thì ở khâu thu mua của tổ chức, cá nhân trực tiếp trồng bán ra thì gạo thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT.
Trường hợp Công ty B bán gạo cho Công ty C (không phân biệt Công ty C mua về để tiếp tục sản xuất, để xuất khẩu, để bán ra hay để tiêu dùng) thì Công ty B không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT đối với số gạo bán cho Công ty C.
Trên hoá đơn GTGT lập, giao cho Công ty C, Công ty B ghi rõ giá bán là giá không có thuế GTGT, dòng thuế suất và thuế GTGT không ghi, gạch bỏ.
Nếu Công ty B đã lập hoá đơn giao cho Công ty C, kê khai, tính thuế GTGT với thuế suất là 5% thì Công ty B phải điều chỉnh hoá đơn đã lập theo quy định để không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT.
Công ty B bán trực tiếp gạo cho người tiêu dùng, cho hộ kinh doanh, cho tổ chức kinh tế thì kê khai, nộp thuế GTGT theo mức thuế suất thuế GTGT là 5% theo hướng dẫn tại khoản 5 Điều 10 của Thông tư.
