Tính thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ, doanh thu và thuế đã được tách ra riêng biệt trên hóa đơn.
Nhưng tính thuế GTGT theo phương pháp trực tiếp, doanh thu và thuế không tách ra riêng biệt trên hóa đơn. Chờ đến cuối kỳ sẽ tính thuế GTGT theo tỷ lệ tính trên doanh thu. Như vậy, trong doanh thu đã có thuế GTGT rồi. Muốn xác định chính xác doanh thu thuần thì phải giảm trừ phần thuế GTGT nằm trong doanh thu ra.