Thông tin bạn nêu ít quá, nên khó có thể giúp bạn được nhiều.
Tôi chỉ nêu qua theo cách hiểu của tôi như sau:
1, Với thuế GTGT: thì bạn cứ tập hợp hóa đơn mua vào, bán ra kê khai theo tháng, quý là ổn.
2, Còn với thuế TNDN: DN bạn là dịch vụ gia công, bạn phải phân loại hay nhóm các dịch vụ giống nhau thành 1 nhóm (Dịch vụ gia công A, dịch vụ gia công B, dịch vụ gia công C...). Chắc chắn bên bạn sẽ có nhiều mức giá khác nhau cho từng loại gia công đặc biệt hay bình thường.
Với mỗi loại dịch vụ, bạn phải xây dựng định mức tiêu hao: CP nhân công (sẽ là lớn nhất - vì là dịch vụ do con người tham gia chính), CP NVL (sơn, điện, nước, vật tư phụ tùng....), CP khấu hao (nhà xưởng, máy móc), CP chung (lương quản đốc, vận chuyển....). Định mức này dùng cho mỗi loại hình dịch vụ như phân nhóm ở trên. Để khi xác định doanh thu - giá vốn, bạn phải ra được với từng dịch vụ này là có lãi. Đây là về quản trị nội bộ (bạn cũng có thể show ra với thuế nếu cty bạn làm thật).
Còn 1 cách nữa, nếu cứ hầm bà làng bạn ko theo dõi theo định mức như trên, mà đưa hết CP vào một cục theo phát sinh thực tế. Thì sẽ phải phân bổ cái PS chi phí đó cho từng nhóm dịch vụ (hoặc theo từng đơn hàng), theo tiêu thức phân bổ nào đó hợp lý (chẳng hạn như DT của dịch vụ đó, hay đơn hàng đó). Đảm bảo nguyên tắc, lãi lỗ từng dịch vụ hay đơn hàng đó không âm (nếu âm thì phải có nguyên nhân cụ thể, thực tế; nếu không thuế sẽ hiểu là đầu vào bạn đang đi mua hơi nhiều, hoặc CP lương đang vống lên).