Về kê khai thuế GTGT của chi nhánh hạch toán phụ thuộc cùng tỉnh (bạn ko nói nhưng mình đoán là khác quận), tại Điều 11 TT 156/2013/TT-BTC, bạn sẽ thấy chi nhánh cùng tỉnh với trụ sở sẽ kê khai tập trung tại trụ sở nếu CN ko có nhu cầu kê khai thuế riêng.
Tuy nhiên, nếu bạn ở TP.HCM và CN của bạn hoạt động 1 số ngành nghề như: nhà hàng, khách sạn, quán bar, karaoke, vũ trường, massage thì CN bắt buộc phải khai thuế GTGT riêng do quy định về phân cấp quản lý, bạn có thể Google search với từ khóa "phân cấp quản lý nhà hàng, khách sạn" sẽ ra 2 cv hướng dẫn của Cục Thuế TP.HCM về vấn đề này, trong đó CV năm 2012 hướng dẫn rất chi tiết từng sắc thuế và cả về hóa đơn.