Một số công việc cơ bản khi quyết toán thuế TNCN như sau:
Liệt kê tất cả những người lao động đã được công ty chi trả thu nhập trong năm 2016 (tiền lương, tiền công và các khoản mang tính chất tiền lương, tiền công); trong đó người lao động có hợp đồng 3 tháng trở lên kê vào bảng kê mẫu 05-1/BK-QTT-TNCN (hàng tháng đã khấu trừ thuế TNCN theo biểu thuế lũy tiến từng phần); người lao động không có hợp đồng hoặc có hợp đồng dưới 3 tháng kê vào bảng kê mẫu 05-2/BK-QTT-TNCN (không khấu trừ và đã khấu trừ 10% khi chi trả thu nhập); người phụ thuộc kê vảo bảng kê 05-3/BK-QTT-TNCN. Lưu ý là chỉ quyết toán thay cho người lao động hợp đồng 3 tháng trở lên trong bảng kê mẫu 05-1/BK-QTT-TNCN (hàng tháng đã khấu trừ thuế TNCN theo biểu thuế lũy tiến từng phần) và từng cá nhân phải có Giấy ủy quyền theo mẫu 02/UQ-QTT-TNCN ban hành kèm Thông tư 92/2015/TT-BTC. Tờ khai quyết toán thuế TNCN lập theo mẫu 05/QTT-TNCN ban hành kèm Thông tư 92/2015/TT-BTC. Sử dụng phần mềm HTKK 3.4.1 hoặc QTTNCN 3.3.1 để làm quyết toán.