2.6. Tổ chức kinh doanh kê khai, nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ xuất điều chuyển hàng hóa cho các cơ sở hạch toán phụ thuộc như các chi nhánh, cửa hàng ở khác địa phương (tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương) để bán hoặc xuất điều chuyển giữa các chi nhánh, đơn vị phụ thuộc với nhau; xuất hàng hóa cho cơ sở nhận làm đại lý bán đúng giá, hưởng hoa hồng, căn cứ vào phương thức tổ chức kinh doanh và hạch toán kế toán, cơ sở có thể lựa chọn một trong hai cách sử dụng hóa đơn, chứng từ như sau:
a) Sử dụng hóa đơn GTGT để làm căn cứ thanh toán và kê khai nộp thuế GTGT ở từng đơn vị và từng khâu độc lập với nhau;
b) Sử dụng Phiếu xuất kho kiêm vận chuyển nội bộ kèm theo Lệnh điều động nội bộ; Sử dụng Phiếu xuất kho hàng gửi bán đại lý theo quy định đối với hàng hóa xuất cho cơ sở làm đại lý kèm theo Lệnh điều động nội bộ.
Cơ sở hạch toán phụ thuộc, chi nhánh, cửa hàng, cơ sở nhận làm đại lý bán hàng khi bán hàng phải lập hóa đơn theo quy định giao cho người mua, đồng thời lập Bảng kê hàng hóa bán ra gửi về cơ sở có hàng hóa điều chuyển hoặc cơ sở có hàng hóa gửi bán (gọi chung là cơ sở giao hàng) để cơ sở giao hàng lập hóa đơn GTGT cho hàng hóa thực tế tiêu thụ giao cho cơ sở hạch toán phụ thuộc, chi nhánh, cửa hàng, cơ sở nhận làm đại lý bán hàng.
Trường hợp cơ sở có số lượng và doanh số hàng hóa bán ra lớn, Bảng kê có thể lập cho 05 ngày hay 10 ngày một lần. Trường hợp hàng hóa bán ra có thuế suất thuế GTGT khác nhau phải lập bảng kê riêng cho hàng hóa bán ra theo từng nhóm thuế suất.
Cơ sở hạch toán phụ thuộc, chi nhánh, cửa hàng, cơ sở nhận làm đại lý bán hàng thực hiện kê khai nộp thuế GTGT đối với số hàng xuất bán cho người mua và được kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào theo hóa đơn GTGT của cơ sở giao hàng xuất cho.
Trường hợp các đơn vị trực thuộc của cơ sở kinh doanh nông, lâm, thủy sản đã đăng ký, thực hiện kê khai nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ, có thu mua hàng hóa là nông, lâm, thủy sản để điều chuyển, xuất bán về trụ sở chính của cơ sở kinh doanh thì khi điều chuyển, xuất bán, đơn vị trực thuộc sử dụng Phiếu xuất kho kiêm vận chuyển nội bộ, không sử dụng hóa đơn GTGT.
