Một trong những điều kiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào là doanh nghiệp phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào (bao gồm cả hàng hóa nhập khẩu) từ hai mươi triệu đồng trở lên, trừ các trường hợp giá trị hàng hóa, dịch vụ nhập khẩu từng lần có giá trị dưới hai mươi triệu đồng, hàng hóa, dịch vụ mua vào từng lần theo hóa đơn dưới hai mươi triệu đồng theo giá đã có thuế GTGT và trường hợp cơ sở kinh doanh nhập khẩu hàng hóa là quà biếu, quà tặng của tổ chức, cá nhân ở nước ngoài.
Trong quá trình hoạt động sản xuất kinh doanh, nhiều doanh nghiệp mặc dù đã nhận được hóa đơn GTGT đầu vào của nhà cung cấp nhưng vì nhận thấy chưa đủ điều kiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào do chưa có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt nên đã không thực hiện kê khai hóa đơn đầu vào này tại kỳ phát sinh hóa đơn. Vậy, trong trường hợp này, doanh nghiệp thực hiện xử lý như thế nào để đảm bảo quyền lợi của mình đồng thời tuân thủ đúng chính sách pháp luật về thuế?
Theo quy định của pháp luật hiện hành, khi bán hàng hóa, cung ứng dịch vụ người bán phải lập hóa đơn để giao cho người mua theo quy định; đối với số thuế GTGT đầu vào trên hóa đơn phát sinh kỳ nào thì doanh nghiệp được kê khai, khấu trừ khi xác định số thuế phải nộp của kỳ đó, không phân biệt đã xuất dùng hay còn để trong kho.
Nếu doanh nghiệp nhận thấy hóa đơn GTGT nêu trên chưa đủ điều kiện khấu trừ thuế do chưa có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt theo quy định thì doanh nghiệp loại trừ số thuế GTGT ghi trên các hóa đơn nêu trên khi tổng hợp khai chỉ tiêu tổng số thuế GTGT được khấu trừ kỳ này [25] tại Tờ khai 01/GTGT kỳ tính thuế phát sinh hóa đơn.
Khi doanh nghiệp có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt của hóa đơn GTGT nêu trên thì doanh nghiệp khai số thuế GTGT ghi trên các hóa đơn nêu trên vào chỉ tiêu điều chỉnh tăng thuế GTGT còn được khấu trừ của các kỳ trước [38] tại Tờ khai 01/GTGT kỳ tính thuế có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt.
Trường hợp doanh nghiệp nhận được hóa đơn GTGT đầu vào của nhà cung cấp nhưng doanh nghiệp không tổng hợp khai trên Tờ khai 01/GTGT của kỳ phát sinh hóa đơn mà tổng hợp khai vào Tờ khai thuế GTGT của kỳ có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt thì doanh nghiệp chỉ được khấu trừ, hoàn thuế GTGT liên quan đến hóa đơn GTGT này nếu cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền chưa công bố quyết định kiểm tra thuế, thanh tra thuế tại trụ sở doanh nghiệp đối với kỳ tính thuế phát sinh hóa đơn GTGT đầu vào nêu trên
