Chào bạn Tamnh72,
Vấn đề bạn nêu khá phổ biến và đã có hướng dẫn khá rõ từ Bộ Tài chính/Tổng cục Thuế, mình tóm tắt lại để bạn có căn cứ làm việc với cơ quan thuế khi bị truy thu:
**1. Giấy chứng nhận đầu tư (GCNĐT) không phải là điều kiện bắt buộc với DN 100% vốn Việt Nam**
Theo Luật Đầu tư 2014 (Điều 36, 37) – nay là Luật Đầu tư 2020 (Điều 37, 38) – chỉ các trường hợp sau mới phải thực hiện thủ tục cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư:
- Dự án đầu tư của nhà đầu tư nước ngoài;
- Dự án đầu tư của tổ chức kinh tế có vốn nước ngoài thuộc diện phải thực hiện thủ tục đầu tư theo quy định.
Nhà đầu tư trong nước (100% vốn Việt Nam) **không thuộc diện bắt buộc phải xin cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư**, trừ dự án thuộc diện phải quyết định chủ trương đầu tư (quy mô vốn lớn, ngành nghề đầu tư có điều kiện...). Do đó, với DN sản xuất phần mềm vốn Việt Nam thông thường, chỉ cần **Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp (GCNĐKDN)** có đăng ký ngành nghề sản xuất phần mềm là đủ về mặt pháp lý đầu tư, không cần GCNĐT.
**2. Điều kiện để được hưởng ưu đãi thuế TNDN**
Căn cứ Điều 18 Thông tư 78/2014/TT-BTC (sửa đổi, bổ sung bởi Thông tư 96/2015/TT-BTC), dự án được hưởng ưu đãi thuế TNDN với lĩnh vực sản xuất sản phẩm phần mềm là **"dự án đầu tư mới"**, bao gồm cả trường hợp:
- Doanh nghiệp thành lập mới từ dự án đầu tư, có GCNĐKDN, hoạt động trong lĩnh vực được ưu đãi (bao gồm sản xuất phần mềm), và được cấp GCNĐT **chỉ khi thuộc diện phải cấp theo Luật Đầu tư**.
Như vậy, việc cơ quan thuế cho rằng DN "phải có GCNĐT mới được ưu đãi" là áp dụng chưa chính xác – vì điều kiện GCNĐT chỉ đặt ra khi pháp luật đầu tư yêu cầu phải có, còn với DN vốn Việt Nam không thuộc diện đó thì GCNĐKDN là đủ để xác định là dự án đầu tư mới.
**3. Điều kiện riêng về hoạt động sản xuất phần mềm**
Ngoài điều kiện về pháp lý đầu tư, DN cần chứng minh đáp ứng đồng thời:
- Có ngành nghề kinh doanh phù hợp (mã ngành sản xuất phần mềm) trên GCNĐKDN;
- Sản phẩm phần mềm thuộc Danh mục sản phẩm phần mềm theo Thông tư liên tịch 09/2013/TTLT-BTTTT-BTC;
- Quy trình sản xuất đáp ứng ít nhất 1 trong các công đoạn theo Thông tư 13/2020/TT-BTTTT (thay thế Thông tư 16/2014) – có hồ sơ, tài liệu chứng minh công đoạn thực hiện (xác định yêu cầu, phân tích thiết kế, lập trình, kiểm tra, đóng gói, cài đặt/hướng dẫn, phát hành...).
**4. Về việc bị truy thu**
- Bạn nên rà soát lại hồ sơ DN đã lưu: GCNĐKDN, hồ sơ chứng minh quy trình sản xuất phần mềm, danh mục sản phẩm, hợp đồng/biên bản nghiệm thu... để chứng minh đáp ứng điều kiện ưu đãi mà không phụ thuộc vào GCNĐT.
- Có thể dẫn chiếu các công văn trả lời của Bộ Tài chính/Tổng cục Thuế đã công khai (ví dụ các công văn trả lời tình huống tương tự được đăng trên Cổng TTĐT Bộ Tài chính, Thư viện pháp luật) để làm căn cứ khiếu nại/giải trình với Chi cục/Cục thuế.
- Nếu đoàn thanh/kiểm tra vẫn giữ quan điểm truy thu, DN có quyền làm văn bản kiến nghị, hoặc khiếu nại quyết định xử lý theo Luật Quản lý thuế, đồng thời có thể gửi công văn xin ý kiến bằng văn bản tới Cục Thuế quản lý trực tiếp để có căn cứ chính thức áp dụng cho các kỳ sau.
Bạn nên đối chiếu kỹ hồ sơ thực tế (ngành nghề đăng ký, mốc thời gian phát sinh doanh thu, hồ sơ chứng minh công đoạn sản xuất phần mềm) trước khi làm văn bản giải trình, vì cơ quan thuế thường truy thu do thiếu hồ sơ chứng minh điều kiện về sản phẩm/quy trình sản xuất phần mềm chứ không chỉ do thiếu GCNĐT.