Thứ hai, tính thuế theo thu nhập bình quân tháng hay thu nhập thực nhận? Quy định về cách tính thuế đối với thu nhập từ tiền lương, tiền công được kế thừa quy định của Pháp lệnh thuế thu nhập cao, nghĩa là thu nhập tính thuế là thu nhập cá nhân thực nhận trong kỳ tính thuế. Do đó, tiền lương, tiền công của năm 2008 nhưng cá nhân nhận được trong năm 2009 sẽ được áp dụng các quy định của Luật Thuế TNCN (tính giảm trừ gia cảnh và tiền thuế nộp thấp hơn theo biểu thuế mới). Đương nhiên, thu nhập này cũng được giãn nộp thuế và nay được miễn thuế theo Nghị quyết của Quốc hội. Có nhiều ý kiến lo ngại về việc tính số thuế được miễn năm 2009 đối với trường hợp thu nhập của cá nhân phát sinh trong năm nay vì với nguyên tắc thu nhập tính thuế bình quân tháng trong năm quy định tại Thông tư số 84/2008, rất có thể phát sinh việc tránh thuế nếu thu nhập cả năm được trả trước trong 6 tháng đầu năm. Ngược lại, ở những đơn vị khó khăn, chưa thể trả lương đúng hạn, thu nhập của tháng 5, tháng 6 nhưng vài tháng sau đó mới được nhận, nếu tính thuế thì sẽ thiệt thòi, nhưng nếu không tính thì không phù hợp với Thông tư 84/2008. Trên nguyên tắc có lợi nhất cho cá nhân nộp thuế và phù hợp với thực tế, xin đề xuất việc hướng dẫn theo hướng toàn bộ thu nhập tiền lương, tiền công và có tính chất tiền lương tiền công mà cá nhân nhận được trong 6 tháng đầu năm thì thực hiện miễn thuế, không phải tính lại theo mức bình quân cả năm. Trong trường hợp này cần đặt niềm tin vào người sử dụng lao động bởi lẽ, không dại gì mà DN trả lương, trả thưởng trước khi người lao động có cống hiến. Trả trước thu nhập khi cá nhân chưa thực hiện nghĩa vụ lao động đồng nghĩa với việc tự đón nhận khả năng rủi ro về pháp luật cũng như khả năng cá nhân chuyển nơi làm việc.
Đối với thu nhập từ tiền lương, tiền công của cá nhân phát sinh 6 tháng đầu năm nhưng DN, người sử dụng lao động thực chi trả vào 6 tháng cuối năm thì cho phép được tính chuyển về 6 tháng đầu năm và được miễn thuế. Thực tế những năm qua và qua các cuộc tham vấn ý kiến DN cho thấy, đại bộ phận DN năm 2009 đều không có khả năng trả lương, thưởng hết ngay trong tháng phát sinh.