Trường hợp này cán bộ thuế khá cứng nhắc khi chỉ dựa vào quy định sau của TT84: Hàng hoá, dịch vụ mua vào từng lần theo hóa đơn trên hai mươi triệu đồng theo giá đã có thuế GTGT nếu không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng thì không được khấu trừ. Đối với những hoá đơn này, cơ sở kinh doanh kê khai vào mục riêng trong bảng kê hoá đơn, chứng từ hàng hoá, dịch vụ mua vào.
Nói là cứng nhắc vì ngay sau quy định trên là một ví dụ: Tháng 1/2009, Công ty A mua một lô hàng của Công ty B để phục vụ sản xuất kinh doanh, tổng giá trị hợp đồng là 330 triệu đồng (bao gồm cả thuế GTGT theo thuế suất 10%), theo thoả thuận trong hợp đồng đến tháng 5/2009 Công ty A mới thanh toán tiền hàng cho Công ty B.
Trong trường hợp này Công ty A được tạm kê khai thuế GTGT đầu vào vào kỳ kê khai của tháng 1/2009 là 30 triệu đồng. Đến thời hạn thanh toán tháng là 5/2009 Công ty A phải cung cấp chứng từ thanh toán qua ngân hàng có giá trị là 330 triệu đồng, nếu Công ty A không cung cấp được chứng từ thanh toán qua ngân hàng thì số thuế GTGT đã tạm khấu trừ (30 triệu đồng) của tháng 1/2009 phải bị kê khai điều chỉnh giảm số thuế GTGT được khấu trừ vào kỳ kê khai tháng 5/2009.
Trường hợp đến thời điểm thanh toán là tháng 5/2009, Công ty A cung cấp được chứng từ thanh toán quan ngân hàng nhưng số tiền ghi trên chứng từ thanh toán này có giá trị 275 triệu đồng thì Công ty A chỉ được chấp nhận khấu trừ thuế GTGT 25 triệu đồng, đồng thời Công ty A phải điều chỉnh giảm số thuế GTGT được khấu trừ vào của kỳ kê khai tháng 5/2009 là 5 triệu đồng.
Có thể thấy TT84 không quy định cụ thể từng câu chữ, nhưng rõ ràng TT84 đã thừa nhận một hóa đơn có nhiều hình thức thanh toán khác nhau và phần thanh toán nào hợp lệ sẽ được khấu trừ số thuế tương ứng của phần đó.
