Vì ko rõ trường hợp của bạn xảy ra vào thời điểm nào, nếu là thời điểm hiện tại thì áp dụng Thông tư 129 /2008/TT- BTC Hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng, ngày 26 tháng 12 năm 2008. Tớ xin trích một đoạn qui định rõ về trường hợp công ty bạn như sau
...
2.8. Cơ sở kinh doanh mua hàng hoá, người bán đã xuất hoá đơn, người mua đã nhận hàng, nhưng sau đó người mua phát hiện hàng hoá không đúng quy cách, chất lượng phải trả lại toàn bộ hay một phần hàng hoá, khi xuất hàng trả lại cho người bán, cơ sở phải lập hoá đơn, trên hoá đơn ghi rõ hàng hoá trả lại người bán do không đúng quy cách, chất lượng, tiền thuế GTGT. Hoá đơn này là căn cứ để bên bán điều chỉnh doanh số bán, số thuế GTGT đầu ra; bên mua điều chỉnh doanh số mua, số thuế GTGT đầu vào.
Trường hợp người mua là đối tượng không có hoá đơn, khi trả lại hàng hoá, bên mua và bên bán phải lập biên bản hoặc thoả thuận bằng văn bản ghi rõ loại hàng hoá, số lượng, giá trị hàng trả lại theo giá không có thuế GTGT, tiền thuế GTGT theo hoá đơn bán hàng (số ký hiệu, ngày, tháng của hoá đơn), lý do trả hàng kèm theo hoá đơn gửi cho bên bán. Biên bản này được lưu giữ cùng với hoá đơn bán hàng để làm căn cứ điều chỉnh kê khai doanh số bán, thuế GTGT của bên bán.
Trường hợp người bán đã xuất hàng và lập hoá đơn, người mua chưa nhận hàng nhưng phát hiện hàng hoá không đúng quy cách, chất lượng phải hoàn trả lại toàn bộ hàng hoá, hoặc một phần hàng hóa, khi trả lại hàng bên mua và bên bán phải lập biên bản ghi rõ loại hàng hoá, số lượng, giá trị chưa có thuế GTGT, tiền thuế GTGT lý do trả hàng theo hoá đơn bán hàng (số, ký hiệu, ngày tháng của hoá đơn) đồng thời kèm theo hoá đơn để gửi trả bên bán để bên bán lập lại hóa đơn GTGT cho số lượng hàng hóa đã nhận và làm căn cứ bên bán điều chỉnh doanh số bán và thuế GTGT đầu ra.