Điều 21. Xử lý trong trường hợp mất hoá đơn
1. Tổ chức, cá nhân kinh doanh trong quá trình sử dụng nếu phát hiện mất hóa đơn đã lập hoặc chưa lập phải báo cáo cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp biết để xử lý kịp thời.
2. Tổ chức, cá nhân mua hàng làm mất hoá đơn mua hàng bản gốc (liên 2) do hoàn cảnh khách quan như: Thiên tai, hoả hoạn, bị mất cắp; khi xẩy ra mất hoá đơn trong các trường hợp nêu trên, tổ chức, cá nhân phải khai báo, lập biên bản về số hoá đơn bị mất, lý do mất có xác nhận của cơ quan thuế đối với trường hợp thiên tai, hoả hoạn, xác nhận của cơ quan công an địa phương đối với trường hợp bị mất cắp. Hồ sơ liên quan đến hành vi làm mất hoá đơn gồm:
+ Công văn, đơn của tổ chức, cá nhân về việc làm mất hoá đơn.
+ Biên bản mất hoá đơn mua hàng.
+ Bản sao hoá đơn mua hàng (liên 1) có xác nhận ký tên, đóng dấu (nếu có) của bên bán hàng.
3. Trường hợp khi bán hàng hóa, dịch vụ bên bán hàng đã lập hóa đơn theo đúng quy định nhưng sau đó bên bán hàng làm mất liên 2 hóa đơn bản gốc đã lập (thất lạc khi gửi qua bưu điện, mất trong khâu giao hóa đơn cho bên mua hàng…) thì hai bên mua bán cùng lập biên bản ghi nhận sự việc, trong biên bản ghi rõ hóa đơn liên 1 bên bán hàng khai, nộp thuế trong tháng nào, có ký tên của người đại diện, đóng dấu (nếu có) trên biên bản và bên bán hàng thực hiện photo hóa đơn liên 1, ký xác nhận và đóng dấu (nếu có) trên bản sao hóa đơn để giao cho bên mua hàng. Bên mua hàng được sử dụng hóa đơn bản sao kèm theo biên bản về việc mất hóa đơn liên 2 để làm chứng từ kế toán và kê khai thuế.
Đồng thời, bên bán hàng có trách nhiệm thông báo đến cơ quan thuế về việc làm mất hóa đơn và bị cơ quan thuế xử phạt vi phạm đối với hành vi làm mất hóa đơn bán hàng liên 2 đã sử dụng theo quy định
4. Trường hợp khi bán hàng hóa, dịch vụ bên bán hàng đã lập hóa đơn theo đúng quy định nhưng sau đó bên mua hàng làm mất liên 2 hoá đơn bản gốc thì hai bên mua bán cùng lập biên bản ghi nhận sự việc, trong biên bản ghi rõ hóa đơn liên 1 bên bán hàng khai, nộp thuế trong tháng nào, có ký tên của người đại diện, đóng dấu (nếu có) và có xác nhận của cơ quan thuế về việc bên bán đã kê khai nộpp thuế trên biên bản và bên bán hàng thực hiện photo hóa đơn liên 1, ký xác nhận và đóng dấu (nếu có) trên bản sao hóa đơn để giao cho bên mua hàng. Bên mua hàng được sử dụng hóa đơn bản sao kèm theo biên bản về việc mất hóa đơn liên 2 để làm chứng từ kế toán và kê khai thuế. Bên mua hàng bị cơ quan thuế xử phạt vi phạm đối với hành vi làm mất hóa đơn đã sử dụng theo quy định .
5. Trường hợp cơ sở kinh doanh sử dụng hóa đơn mua hàng hóa, dịch vụ của cơ sở kinh doanh bỏ trốn để kê khai khấu trừ thuế GTGT, tính vào chi phí khi xác định thu nhập chịu thuế TNDN mà thời điểm mua hàng hóa, dịch vụ phát sinh trước ngày xác định cơ sở kinh doanh bỏ trốn theo thông báo của cơ quan thuế và cơ quan thuế hoặc các cơ quan chức năng khác chưa đủ căn cứ để kết luận là sử dụng bất hợp pháp hóa đơn hoặc hoá đơn được sử dụng bất hợp pháp thì cơ quan thuế phải thực hiện kiểm tra xác định đúng có hàng hóa, dịch vụ mua vào và yêu cầu cơ sở kinh doanh chứng minh và chịu trách nhiệm trước pháp luật việc mua bán là có thật; có hợp đồng mua bán, văn bản chứng từ thanh lý hợp đồng (nếu có), phiếu xuất kho, phiếu nhập kho, chứng từ thanh toán tiền; hàng hóa, dịch vụ mua vào của cơ sở bỏ trốn được sử dụng để phục vụ hoạt động kinh doanh đã bán ra và đã kê khai thuế, có hạch toán kế toán đầy đủ, đúng quy định thì cơ sở kinh doanh được khấu trừ thuế GTGT đầu vào theo hóa đơn mua hàng đó và tính vào chi phí khi xác định thu nhập chịu thuế TNDN