Thủ tục của quá trình thanh lý hợp đồng lý thuyết đại khái như sau:
1. Kiểm tra khối lượng thi công: Căn cứ vào bản vẽ và khối lượng đo đạc thực tế.
2. Kiểm tra chất lượng thi công: Căn cứ vào đo đạc và các biện pháp kỹ thuật.
3. Đối chiếu dự toán: Căn cứ vào số liệu đo đạc và hồ sơ dự thầu được duyệt để tính ra tổng chi phí, từ đó làm căn cứ đối chiếu công nợ thanh toán.
4. Kiểm tra số liệu chi tiết: Đối chiếu với sổ Nhật ký công trình mà bên B và giám sát thi công của bên A ký.
Bước 3 và 4 tiến hành đồng thời. Trường hợp 2 bên không quy định kiểm tra tại bước 4, tức là bên A không cử giám sát công trình ký vào Nhật ký công trình của bên B thì bên A mặc nhiên phải chấp nhận Nhật ký của bên B. Điều này có nghĩa là bên A không cần phải kiểm tra ở bước 4. Thực tế, các công trình xây dựng nhỏ thì quá trình nghiệm thu chỉ dừng ở bước 1, 2 và 1 chút bước 3 thôi.
Về giá trị công trình, đơn giá vật tư và nhân công trên bảng quyết toán là khối lượng thực tế nhân đơn giá trên dự toán đấu thầu trừ khi 2 bên thỏa thuận lại. Còn đơn giá vật tư nhân công trên sổ sách là đơn giá chi phí thực tế, bao gồm cả biến động chênh lệch giá cũng như các khoản hư hao thiệt hại do bên B thi công gây ra v...v do đó, bản chất 2 số liệu này không giống nhau. Nói rõ hơn, thí dụ những khoản thiệt hại do bên B thi công sai hư vẫn có trên sổ bên B nhưng không có trên quyết toán. Hoặc những khoản do bên B tiết kiệm NVL mà giảm xuống thì bên A vẫn phải thanh toán theo đơn giá và KL ban đầu, trừ khi khi kiểm tra bên A phát hiện bên B gian lận giảm tỷ lệ xi măng, giảm cốt thép v…v.
Trong thực tế, từ Nhật ký công trình thực tế đến Sổ kế toán (Sổ chi tiết CP, Nhập Xuất, lương bổng) khác xa, chênh lệch nhau là chuyện thường. Đại đa số là có chênh lệch do kế toán phải "xử lý" lại số liệu từ Nhật ký (mà thậm chí chẳng có Nhật ký hay Nhật ký ghi không rõ). Lý thuyết cũng có chênh lệch, chẳng hạn Ctrình A lấy 10 bao xi măng ở đại lý A giá 10 đồng, Ctrình B lấy ở đại lý B 10 bao giá 11 đồng, trên sổ Nhật ký Ctrình A ghi chi phí là 10 đ trong khi sổ sách kế toán tính lại phải là 10.5 đ.
Sổ kế toán mà bạn cho là phải giống Quyết toán ở đây là sổ Nhật ký công trình, nhưng nhật ký phải làm hàng ngày (hoặc tuần), lại phải có chữ ký của Giám sát thi công bên A nên phải nói "Quyết toán phải làm giống sổ" mới đúng. Còn sổ kế toán như Chi tiết chi phí, bảng lương v...v thì bên A không có quyền kiểm tra, trừ khi 2 bên có thỏa thuận khác hoặc công trình sử dụng vốn nhà nước và có lệnh thanh tra kiểm tra của cơ quan có thẩm quyền.
Đối với các bạn kế toán phải làm “kế toán thuế” mà không có nhật ký công trình, bạn phải bám vào quyết toán để cân đối sổ sách cho hợp lý. Trường hợp này thì sổ sách của bạn chỉ để hợp thức hóa thôi, không liên quan gì đến bên A (Cũng có rất nhiều công trình bàn giao xong mà kế toán vẫn chưa xong sổ sách).