Việc Cty B có làm thủ tục thanh toán chưa không liên quan tới việc kê khai thuế GTGT của Cty Bạn. Hóa đơn, chứng từ sử dụng, lưu trữ từ thời điểm lập, thanh toán đến lưu trữ theo qui định cho từng loại chứng từ, như vậy không phải là thời hạn sử dụng hóa đơn đến khi nào. Thời hạn kê khai khấu trừ thuế GTGT đầu vào theo qui định hiện nay là tối đa 06 tháng kể từ tháng phát hành hóa đơn (lập hóa đơn)- theo thông tư số: 129/2008/TT-BTC. Chắc Bạn nhớ nhầm với thông tư 32/2007/TT-BTC qui định thời hạn tối đa là 03 tháng kể từ ngày lập hóa đơn. Thông tư này đã bãi bỏ không sử dựng từ ngày 18/01/2009. Như vậy, Cty B có quyền tối đa kê khai khấu trừ thuế đến tháng 10/2011 (20/10/2011- thời điểm nộp hồ sơ kê khai thuế GTGT). Còn đối với Công ty Bạn, chắc bên thuế họ không chấp nhận thời gian kê khai như trên- vì kê khai đầu ra ngay trong tháng phát sinh- được kê khai trong tháng 6/2011- sau ngày nộp hồ sơ kê khai thuế 20/5/2011- 26/5/2011. Như vậy, có thể Cty Bạn phải giải trình về việc này- không kê khai đúng thời hạn.