2.6. Tổ chức kinh doanh kê khai, nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ xuất điều chuyển hàng hoá cho các cơ sở hạch toán phụ thuộc như các chi nhánh, cửa hàng ở khác địa phương (tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương) để bán hoặc xuất điều chuyển giữa các chi nhánh, đơn vị phụ thuộc với nhau; xuất hàng hoá cho cơ sở nhận làm đại lý bán đúng giá, hưởng hoa hồng, căn cứ vào phương thức tổ chức kinh doanh và hạch toán kế toán, cơ sở có thể lựa chọn một trong hai cách sử dụng hoá đơn, chứng từ như sau:
a) Sử dụng hoá đơn GTGT để làm căn cứ thanh toán và kê khai nộp thuế GTGT ở từng đơn vị và từng khâu độc lập với nhau;
b) Sử dụng Phiếu xuất kho kiêm vận chuyển nội bộ kèm theo Lệnh điều động nội bộ; Sử dụng Phiếu xuất kho hàng gửi bán đại lý theo quy định đối với hàng hoá xuất cho cơ sở làm đại lý kèm theo Lệnh điều động nội bộ.
Cơ sở hạch toán phụ thuộc, chi nhánh, cửa hàng, cơ sở nhận làm đại lý bán hàng khi bán hàng phải lập hóa đơn theo quy định giao cho người mua, đồng thời lập Bảng kê hàng hóa bán ra gửi về cơ sở có hàng hóa điều chuyển hoặc cơ sở có hàng hoá gửi bán (gọi chung là cơ sở giao hàng) để cơ sở giao hàng lập hóa đơn GTGT cho hàng hóa thực tế tiêu thụ giao cho cơ sở hạch toán phụ thuộc, chi nhánh, cửa hàng, cơ sở nhận làm đại lý bán hàng.