Mình đã từng gặp 1 trường hợp thế này. Nhà thầu phụ và nhà thầu chính ở cùng tỉnh, và thực hiện công trình xây dựng ở tỉnh khác.
Phần 2% thuế GTGT vãng lai Nhà thầu chính sẽ thanh toán, thông qua công nợ phải thu của khách hàng (tại tính khác). Có nghĩa là Nhà thầu chính sẽ yêu cầu khách hàng (tỉnh khác) thanh toán khoản thuế GTGT vãng lai, và cấn trừ công nợ bằng bút toán: Nợ 33311 Có 131
Nhà thầu phụ khi hoàn thành công việc chỉ xuất hóa đơn cho phần khối lượng công việc của mình (chứ không thấy đả động gì đến phần thuế GTGT vãng lai).