Nguyên tắc kê khai Thuế GTGT là như thế này: Kê khai hàng tháng và điều chỉnh khi phát hiện ra sai sót hoặc điều chỉnh trong trường hợp đặc biệt cần phân bổ lại số thuế GTGT đầu vào được khấu trừ theo tỷ lệ doanh thu chịu thuế trên tổng doanh thu của năm.
Số liệu điều chỉnh thuế GTGT được kê khai ngay vào các chỉ tiêu điều chỉnh trên tờ khai thuế GTGT (mẫu 01/GTGT) hàng tháng. Bạn làm điều chỉnh tại tháng nào thì kê khai ngay vào tờ khai của tháng đó. Ví dụ bạn thực hiện điều chỉnh thuế GTGT các tháng trong năm 2006 vào tháng 2/2007 thì số liệu chênh lệch tăng/giảm đó được tính toán và kê khai vào chỉ tiêu điều chỉnh của Tờ khai thuế GTGT tháng 2/2007.
Khi có số liệu điều chỉnh trên tờ khai thì phải lập Bảng giải trình điều chỉnh (mẫu 02A/GTGT) kèm theo tờ khai.
Trường hợp phân bổ thuế GTGT đầu vào được khấu trừ theo tỷ lệ doanh thu chịu thuế trên tổng doanh thu hàng tháng thì thực hiện điều chỉnh phân bổ lại theo năm theo mẫu 02C/GTGT, và số liệu cũng kê khai vào tờ khai GTGT của tháng thực hiện điều chỉnh.
Mẫu tờ khai thuế GTGT khấu trừ, Bảng Giải trình điều chỉnh, Bảng phân bổ thuế GTGT đầu vào được khấu trừ hiện nay đang thực hiện theo TT 127/2004/TT-BTC ngày 27/12/2004.