Tại điểm 2 mục II Phần C, 120/2003/TT-BTC:
- Đối với các Tổng công ty, Công ty có các cơ sở trực thuộc, việc kê khai thuế GTGT phải nộp thực hiện như sau:
+ Các cơ sở hạch toán độc lập và các cơ sở hạch toán phụ thuộc như Công ty, xí nghiệp, nhà máy, chi nhánh, cửa hàng có tư cách pháp nhân không đầy đủ, có con dấu và tài khoản tại ngân hàng trực tiếp bán hàng hóa, dịch vụ, phát sinh doanh thu phải kê khai, nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ tại địa phương nơi cơ sở kinh doanh đóng trụ sở.
+ Các cơ sở hạch toán phụ thuộc đóng trụ sở cùng địa phương (tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương) nơi có trụ sở chính của đơn vị cấp trên như Công ty, Tổng công ty thì Công ty, Tổng công ty thực hiện kê khai, nộp thuế tập trung thay cho các cơ sở hạch toán phụ thuộc. Nếu cơ sở hạch toán phụ thuộc là pháp nhân không đầy đủ, có con dấu, tài khoản tiền gửi ngân hàng, trực tiếp bán hàng hóa, dịch vụ, kê khai đầy đủ thuế GTGT đầu vào, đầu ra muốn kê khai nộp thuế riêng phải đăng ký nộp thuế, cấp mã số thuế phụ thuộc và sử dụng hóa đơn riêng.