Trường hợp của bạn 2 cty liên doanh theo hợp đồng hợp tác kinh doanh. TT 78/2014/TT-BTC quy định về doanh thu tính thuế cho trường hợp này như sau. Bạn căn cứ vào đó để xuất hóa đơn, ghi nhận doanh thu, chi phí và kê khai nộp thuế.
n) Đối với hoạt động kinh doanh dưới hình thức hợp đồng hợp tác kinh doanh:
- Trường hợp các bên tham gia hợp đồng hợp tác kinh doanh phân chia kết quả kinh doanh bằng doanh thu bán hàng hóa, dịch vụ thì doanh thu tính thuế là doanh thu của từng bên được chia theo hợp đồng.
- Trường hợp các bên tham gia hợp đồng hợp tác kinh doanh phân chia kết quả kinh doanh bằng sản phẩm thì doanh thu tính thuế là doanh thu của sản phẩm được chia cho từng bên theo hợp đồng.
- Trường hợp các bên tham gia hợp đồng hợp tác kinh doanh phân chia kết quả kinh doanh bằng lợi nhuận trước thuế thu nhập doanh nghiệp thì doanh thu để xác định thu nhập trước thuế là số tiền bán hàng hóa, dịch vụ theo hợp đồng. Các bên tham gia hợp đồng hợp tác kinh doanh phải cử ra một bên làm đại diện có trách nhiệm xuất hóa đơn, ghi nhận doanh thu, chi phí, xác định lợi nhuận trước thuế thu nhập doanh nghiệp chia cho từng bên tham gia hợp đồng hợp tác kinh doanh. Mỗi bên tham gia hợp đồng hợp tác kinh doanh tự thực hiện nghĩa vụ thuế thu nhập doanh nghiệp của mình theo quy định hiện hành.
- Trường hợp các bên tham gia hợp đồng hợp tác kinh doanh phân chia kết quả kinh doanh bằng lợi nhuận sau thuế thu nhập doanh nghiệp thì doanh thu để xác định thu nhập chịu thuế là số tiền bán hàng hóa, dịch vụ theo hợp đồng. Các bên tham gia hợp đồng hợp tác kinh doanh phải cử ra một bên làm đại diện có trách nhiệm xuất hóa đơn, ghi nhận doanh thu, chi phí và kê khai nộp thuế thu nhập doanh nghiệp thay cho các bên còn lại tham gia hợp đồng hợp tác kinh doanh.