Trường hợp như bạn nói thì công ty bạn đã đồng ý hủy (xóa bỏ) hóa đơn đó và cũng đã kê khai giảm trừ doanh thu, thuế GTGT đầu ra tương ứng với hóa đơn đó rồi đúng không!?
- Mất hóa đơn (liên 2) "Hành vi vi phạm quy định về sử dụng hóa đơn khi bán hàng hóa, dịch vụ", khung phạt từ 10-20 triệu đồng. (theo khoản 4, điều 38, NĐ 109/2013/NĐ-CP; khoản 4 điều 11 thông tư 10/2014/TT-BTC)
- Tuy nhiên, trường hợp của bạn chỉ bị phạt cảnh cáo nếu thỏa mãn khoản 4 điều 11 thông tư 10/2014/TT-BTC: "Trường hợp người bán làm mất, cháy, hỏng các liên hóa đơn đã lập sai và đã xoá bỏ (người bán đã lập hóa đơn khác thay thế cho các hóa đơn đã lập sai và đã xoá bỏ) thì người bán bị phạt cảnh cáo. Trường hợp trong cùng một thời điểm, tổ chức, cá nhân thông báo mất nhiều số hóa đơn cho cơ quan thuế nhưng cơ quan thuế đủ căn cứ xác định tổ chức, cá nhân gộp nhiều lần mất hóa đơn để báo cáo cơ quan thuế thì xử phạt theo từng lần mất hóa đơn."
Bên bạn đã hủy hóa đơn đó rồi thì cần xuất hóa đơn khác thay thế. Thời điểm xuất hóa đơn thay thế cũng có ảnh hưởng đó bạn! Không phải xuất hóa đơn thay thế là không bị phạt tiền, bạn chưa nói rõ thời điểm xuất hóa đơn thay thế là khi nào...... Căn cứ trường hợp cụ thể để giải quyết thôi (cảnh cáo hay phạt tiền) và thông tin bạn đưa ra mình vẫn chưa có đủ cơ sở để tư vấn.