Theo mình hiểu thì vấn đề bạn đang thắc mắc là trường hợp bên bạn có đủ điều kiện hoàn thuế xk không?
Mình thấy trong TT 219, điều 16, khoản 3 mục b) Các trường hợp thanh toán dưới đây cũng được coi là thanh toán qua ngân hàng:
"b.10) Trường hợp cơ sở kinh doanh xuất khẩu hàng hóa, dịch vụ cho bên nước ngoài (bên thứ hai), đồng thời nhập khẩu hàng hóa, dịch vụ với bên nước ngoài khác hoặc mua hàng với tổ chức, cá nhân ở Việt Nam (bên thứ ba); nếu cơ sở kinh doanh có thỏa thuận với bên thứ hai và bên thứ ba về việc bên thứ hai thực hiện thanh toán qua ngân hàng cho bên thứ ba số tiền mà cơ sở kinh doanh còn phải thanh toán cho bên thứ ba thì việc bù trừ thanh toán giữa các bên phải được quy định trong hợp đồng xuất khẩu, hợp đồng nhập khẩu hoặc hợp đồng mua hàng (phụ lục hợp đồng hoặc văn bản điều chỉnh hợp đồng - nếu có) và cơ sở kinh doanh phải xuất trình bản đối chiếu công nợ có xác nhận của các bên liên quan (giữa cơ sở kinh doanh với bên thứ hai, giữa cơ sở kinh doanh với bên thứ ba)".
Mình thấy bên bạn có thể áp dụng theo mục này (bên bạn là hợp đồng lao động với bên thứ 3, theo mình k quan trọng, quan trọng là có đầy đủ thỏa thuận và nêu rõ ràng trong thỏa thuận là được). Thanh toán bù trừ 3 bên (chi tiết theo thỏa thuận) cũng là 1 hình thức thanh toán không dùng tiền mặt, như các bạn khác đã nêu và trích dẫn bên trên và như vậy là đủ điều kiện khấu trừ, hoàn thuế.