Công văn số 2354/TCT-PCCS ngày 15-6-2007, Tổng cục Thuế hướng dẫn về việc mất hóa đơn GTGT, như sau:
Căn cứ theo quy định tại điểm 1.7b, mục VI, phần B Thông tư số 120/2002/TT-BTC ngày 30-12-2002 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Nghị định số 89/2002/NĐ-CP ngày 07-11-2002 của Chính phủ quy định về việc in, phát hành, sử dụng, quản lý hóa đơn thì tổ chức, cá nhân mua hàng làm mất hóa đơn liên 2 phải khai báo, lập biên bản về số hóa đơn bị mất với cơ quan thuế.
Trường hợp mất hóa đơn liên 2 đã sử dụng có liên quan đến bên thứ 3 (đơn vị vận chuyển hàng hoặc đơn vị vận chuyển hóa đơn – gửi hải quan bưu điện…) thì cơ quan thuế xem xét xử lý như sau:
1. Nếu đơn vị vận chuyển do bên bán hàng thuê thì việc làm mất hóa đơn thuộc trách nhiệm bên bán hàng. Cơ quan thuế xử phạt vi phạm hành chính bên bán hàng đối với hành vi làm mất hóa đơn và hướng dẫn bên bán hàng lập lại hóa đơn để giao cho khách hàng theo quy định.
2. Nếu đơn vị vận chuyển do bên mua hàng thuê thì việc mất hóa đơn thuộc trách nhiệm bên mua hàng. Cơ quan thuế tiến hành xử lý theo quy định tại điểm 1.7b, mục VI, phần B Thông tư số 120/2002/TT-BTC ngày 30-12-2002 của Bộ Tài chính.
Trường hợp Công ty mất liên 2 do Công ty chuyển hóa đơn qua đường bưu điện, sau đó cơ quan bưu điện làm mất thì việc mất hóa đơn thuộc trách nhiệm của Công ty vì vậy Công ty thực hiện xuất lại hóa đơn mới thay thế hóa đơn cũ đã mất theo hướng dẫn điểm 1 nêu trên. Hóa đơn lập lại phải kèm theo biên bản xác nhận lý do mất hóa đơn có chữ ký, đóng dấu của bên mua, bên bán để làm căn cứ lập lại hóa đơn, đồng thời trên hóa đơn lập lại phải ghi rõ “hóa đơn này thay thế cho hóa đơn số… ký hiệu… ngày… tháng… năm…”. Căn cứ vào hóa đơn lập lại, bên bán và bên mua kê khai điều chỉnh thuế đầu ra, đầu vào.
