1. Sản phẩm phần mềm và dịch vụ phần mềm tiêu dùng tại Việt nam thuộc diện không chịu thuế giá trị gia tăng; doanh nghiệp phần mềm khi cung cấp sản phẩm, dịch vụ nêu trên cho các đối tượng để tiêu dùng tại Việt Nam thì không phải tính và nộp thuế giá trị gia tăng và không được khấu trừ hoặc hoàn thuế giá trị gia tăng đã nộp ở đầu vào của hàng hoá, dịch vụ dùng cho sản xuất sản phẩm và dịch vụ phần mềm tiêu dùng tại Việt Nam. Số thuế giá trị gia tăng đầu vào không được khấu trừ được tính vào chi phí hợp lý.
2. Sản phẩm phần mềm và dịch vụ phần mềm xuất khẩu áp dụng thuế suất thuế giá trị gia tăng 0%. Số thuế giá trị gia tăng đã nộp ở đầu vào của hàng hoá, dịch vụ dùng để sản xuất ra sản phẩm phần mềm và cung cấp dịch vụ phần mềm xuất khẩu được tính khấu trừ và hoàn thuế theo quy định.
Doanh nghiệp phần mềm phải hạch toán riêng thuế đầu vào của hàng hoá, dịch vụ dùng cho sản xuất, dịch vụ phần mềm xuất khẩu và thuế đầu vào của hàng hoá, dịch vụ dùng cho sản xuất, dịch vụ phần mềm tiêu dùng tại Việt Nam. Trường hợp doanh nghiệp phần mềm không hạch toán riêng được số thuế giá trị gia tăng đã nộp ở đầu vào của hàng hoá, dịch vụ dùng để sản xuất ra sản phẩm phần mềm, dịch vụ phần mềm xuất khẩu thì thuế đầu vào được tính khấu trừ theo tỷ lệ doanh thu sản phẩm và dịch vụ phần mềm xuất khẩu trên tổng doanh thu sản phẩm và dịch vụ phần mềm của doanh nghiệp. ( theo thông tư 123/2004/TT-BTC)