Cơ sở kinh doanh trong 3 tháng liên tục trở lên (không phân biệt niên độ kế toán) có số thuế đầu vào chưa được khấu trừ sẽ được phép hoàn thuế GTGT.
Hồ sơ hoàn thuế trong trường hợp này bao gồm:
- Công văn đề nghị hoàn thuế GTGT nêu rõ lý do hoàn thuế, số thuế đề nghị hoàn, thời gian hoàn (theo mẫu số 10/GTGT ban hành kèm theo Thông tư 120/2003/TT-BTC).
- Bảng kê khai tổng hợp số thuế phát sinh đầu ra, số thuế đầu vào được khấu trừ, số thuế đã nộp (nếu có), số thuế đầu vào lớn hơn số thuế đầu ra đề nghị hoàn lại.
- Bảng kê hàng hóa, dịch vụ mua vào, bán ra trong kỳ liên quan đến việc xác định thuế GTGT đầu vào, đầu ra (mẫu số 02/GTGT, 03/GTGT). Riêng đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào có sử dụng chứng từ đặc thù ghi giá thanh toán là giá đã có thuế GTGT thì sử dụng Bảng kê mẫu số 05/GTGT.
Trường hợp việc kê khai thuế hàng tháng đã đầy đủ và chính xác, phù hợp với Bảng kê khai tổng hợp, cơ sở không phải nộp Bảng kê hàng hóa, dịch vụ mua vào, bán ra các tháng đề nghị hoàn thuế. Trường hợp có điều chỉnh thuế GTGT đầu vào được khấu trừ, thuế GTGT đầu ra của các tháng trong thời gian hoàn thuế thì cơ sở phải kê khai số thuế GTGT đầu vào được khấu trừ, thuế GTGT đầu ra phát sinh từng tháng trong thời gian hoàn thuế, số thuế điều chỉnh phải giải trình rõ lý do.