Thứ nhất về xác định thuế suất thuế GTGT đối với hoa hồng đại lý: Hiện vẫn tồn tại hai cách hiểu, quan điểm thứ nhất cho rằng thuế suất thuế GTGT đối với hoa hồng thu được từ hoạt động đại lý là 10%, vì lý do tại tiết 3.27 điểm 3 Mục II phần B Thông tư số 120 nêu trên có hướng dẫn: Các hàng hoá, dịch vụ khác ngoài quy định đối tượng không thuộc diện chịu thuế và không nêu ở mục thuế suất cuả Thông tư đều thuộc nhóm thuế suất 10%. Nếu xét về cách hiểu này thì hoạt động mua bán đại lý đúng giá hưởng hoa hồng là một loại hình môi giới, dịch vụ trong hoạt động thương mại và hoạt động này không quy định tại các nhóm thuế suất 0,5%, nên đã áp dụng thuế suất 10%.
Quan điểm thứ hai cho rằng thuế suất thuế GTGT đối với hoa hồng đại lý là tính theo mặt hàng mà mình trực tiếp bán hàng. Bởi vì cuối mục thuế suất của thông tư 120 nói trên có nêu: Các mức thuế suất thuế GTGT quy định trên đây được áp dụng thống nhất cho từng loại hàng hoá, dịch vụ ở các khâu nhập khẩu, sản xuất, gia công hay kinh doanh thương mại. Như vậy cách hiểu này theo tôi là hoàn toàn có cơ sở và theo đúng hướng dẫn của Thông tư 120, vì hoạt động đại lý mua bán hàng hoá thực chất là một trong những hình thức kinh doanh thương maị và đã được Luật Thương mại quy định. Tuy nhiên trong thực tế nếu có cơ sở bán hàng đại lý là mặt hàng thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT như cây giống, con giống chẳng hạn thì liệu hoa hồng thu được từ hoạt động đại lý này có phải chịu thuế không? Vấn đề này cũng được xem xét từ những quy định về đối tượng chịu thuế của thuế GTGT là đánh theo sản phẩm hàng hoá, dịch vụ nên nếu có phát sinh hoa hồng thu được từ hoạt động đại lý này cũng không phải là đối tượng chịu thuế GTGT.
Về kê khai nộp thuế: theo hướng dẫn tại điểm 2 Mục II Phần C Thông tư 120 thì cơ sở trực tiếp bán hàng đại lý phải kê khai, tính và nộp thuế GTGT đối với số lượng hàng bán đại lý và cả tiền hoa hồng thu được từ hoạt động đại lý. Với quy định này trên thực tế nếu cơ sở kinh doanh thực hiện đầy đủ các điều kiện quy định về hoạt động đại lý trong đó điều kiện quan trọng nhất là bán đúng giá quy định của bên chủ hàng giao đại lý theo hợp đồng kinh tế đã ký kết thì thuế đầu vào bằng thuế đầu ra, cơ sở kinh doanh chỉ còn phải nộp thuế GTGT đối với doanh thu thu được từ tiền hoa hồng đại lý.
Thế nhưng trong thực hiện vẫn còn không ít cơ sở kinh doanh, nhất là các công ty có các chi nhánh, cửa hàng ở khác địa phương nơi đóng trụ sở chính xin được kê khai và nộp thuế GTGT cho hoa hồng bán hàng đại lý tại cơ quan thuế nơi đóng trụ sở chính, vì họ cho rằng bên chủ hàng giao đại lý thanh toán trực tiếp tiền hoa hồng đại lý cho công ty. Với cách hiểu này nên trong thực hiện giữa các Cục Thuế có trụ sở chính của Công ty và các Cục Thuế có các chi nhánh của các công ty hoạt động đã thiếu sự thống nhất về kê khai nộp thuế cho hoa hồng đại lý. Theo quy định thì kê khai thuế GTGT của lượng hàng bán đại lý và hoa hồng thu được từ hoạt động đại lý và đi liền với nhau, vì hoa hồng được hưởng phải căn cứ vào số lượng hàng tiêu thụ được. Mặt khác các chi phí và thuế đầu vào của hoạt động đại lý đều phát sinh tại nơi bán hàng. Do vậy các chi nhánh, cửa hàng hạch toán phụ thuộc ở khác địa phương với công ty m‹ thì thuế GTGT của hàng bán đại lý và hoa hồng thu được từ hoạt động đại lý phải kê khai tại Cục Thuế sở tại là đúng theo quy định tại Thông tư số 120 của Bộ Tài chính hướng dẫn.