Bạn đã từng đọc Văn Bản Pháp Luật về vấn đề liên quan để có thể hiểu cặn kẽ chưa?
Theo thông tin bạn nêu, chị đánh gía bạn đã nắm bắt như thế nào là "phát sinh trên lãnh thổ Việt Nam" và ngược lại rồi. Như vậy thì đọc kỹ đoạn trích TT 219/2013/TT-BTC này rồi phân tích vấn đề sau nhé.
Điều 9. Thuế suất 0%
1. Thuế suất 0%: áp dụng đối với hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu; hoạt động xây dựng, lắp đặt công trình ở nước ngoài và ở trong khu phi thuế quan; vận tải quốc tế; hàng hóa, dịch vụ thuộc diện không chịu thuế GTGT khi xuất khẩu, trừ các trường hợp không áp dụng mức thuế suất 0% hướng dẫn tại khoản 3 Điều này.
.....
c) Vận tải quốc tế quy định tại khoản này bao gồm vận tải hành khách, hành lý, hàng hóa theo chặng quốc tế từ Việt Nam ra nước ngoài hoặc từ nước ngoài đến Việt Nam, hoặc cả điểm đi và đến ở nước ngoài, không phân biệt có phương tiện trực tiếp vận tải hay không có phương tiện. Trường hợp, hợp đồng vận tải quốc tế bao gồm cả chặng vận tải nội địa thì vận tải quốc tế bao gồm cả chặng nội địa.
Ví dụ 47: Công ty vận tải X tại Việt Nam có tàu vận tải quốc tế, Công ty nhận vận chuyển hàng hóa từ Sin-ga-po đến Hàn Quốc. Doanh thu thu được từ vận chuyển hàng hóa từ Sin-ga-po đến Hàn Quốc là doanh thu từ hoạt động vận tải quốc tế.
...
2. Điều kiện áp dụng thuế suất 0%:
...
c) Đối với vận tải quốc tế:
- Có hợp đồng vận chuyển hành khách, hành lý, hàng hóa giữa người vận chuyển và người thuê vận chuyển theo chặng quốc tế từ Việt Nam ra nước ngoài hoặc từ nước ngoài đến Việt Nam hoặc cả điểm đi và điểm đến ở nước ngoài theo các hình thức phù hợp với quy định của pháp luật. Đối với vận chuyển hành khách, hợp đồng vận chuyển là vé. Cơ sở kinh doanh vận tải quốc tế thực hiện theo các quy định của pháp luật về vận tải.
- Có chứng từ thanh toán qua ngân hàng hoặc các hình thức thanh toán khác được coi là thanh toán qua ngân hàng. Đối với trường hợp vận chuyển hành khách là cá nhân, có chứng từ thanh toán trực tiếp.
=> Như vậy, việc có được áp dụng thuế suất 0% cho tất cả các chặng vận chuyển cùng phí giao nhận phát sinh hay không, phụ thuộc vào điều kiện giao hàng thể hiện trên vận đơn, và việc này phụ thuộc thoả thuận cung cấp dịch vụ với Shipper hay Connsignee của lô hàng, chứ không phải DN và Đại lý muốn áp dụng sao thì tự điều chỉnh.