- Cơ sở kinh doanh thuộc đối tượng nộp thuế theo phương pháp khấu trừ thuế được xét hoàn thuế trong các trường hợp sau:
a/ Cơ sở kinh doanh trong 3 tháng liên tục trở lên (không phân biệt niên độ kế toán) có số thuế đầu vào chưa được khấu trừ hết.
Số thuế được hoàn là số thuế đầu vào chưa được khấu trừ hết của thời gian xin hoàn thuế. Trường hợp này áp dụng cho cả cơ sở kinh doanh có đầu tư mới, đầu tư chiều sâu.
b/ Cơ sở kinh doanh trong tháng có hàng hoá, dịch vụ xuất khẩu nếu có số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa xuất khẩu phát sinh trong tháng chưa được khấu trừ từ 200 triệu đồng trở lên thì được xét hoàn thuế theo tháng. Trường hợp trong tháng thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết bao gồm cả thuế đầu vào của hàng hóa, dịch vụ bán trong nước thì cũng được tính vào số thuế được hoàn trong tháng.
Đối với trường hợp uỷ thác xuất khẩu, gia công chuyển tiếp xuất khẩu, đối tượng hoàn thuế là cơ sở có hàng hoá uỷ thác xuất khẩu, gia công chuyển tiếp xuất khẩu. Đối với trường hợp gia công uỷ thác thì đối tượng được hoàn thuế là cơ sở trực tiếp gia công hàng hoá xuất khẩu.
2- Đối với cơ sở kinh doanh đầu tư mới đã đăng ký kinh doanh, đăng ký nộp thuế theo phương pháp khấu trừ thuế đang trong giai đoạn đầu tư, chưa đi vào hoạt động, chưa phát sinh thuế đầu ra, nếu thời gian đầu tư từ một năm trở lên được xét hoàn thuế đầu vào theo từng năm. Số thuế GTGT đầu vào của tài sản đầu tư được hoàn có giá trị lớn từ 200 triệu đồng trở lên thì được xét hoàn thuế từng quý.
Ví dụ 1: Cơ sở kinh doanh mới được thành lập năm 2003, trong năm 2003 thực hiện đầu tư phần giá trị xây lắp là 6 tỷ đồng, giá trị máy móc, thiết bị 2 tỷ.
- Thuế GTGT đầu vào của vật tư dùng trong xây lắp là 400 triệu.
- Thuế GTGT của máy móc, thiết bị là 200 triệu.
Đến cuối năm 2003, công trình chưa đi vào hoạt động sản xuất, kinh doanh, chưa có doanh thu nên chưa phát sinh thuế GTGT phải nộp. Sau khi lập báo cáo quyết toán thuế GTGT năm 2003, xác định số thuế đầu vào 600 triệu, thì cơ sở làm hồ sơ đề nghị cơ quan thuế giải quyết hoàn số tiền thuế GTGT là 600 triệu cho cơ sở.
Trường hợp thuế đầu vào doanh nghiệp tổng hợp từng quý lớn hơn 200 triệu đồng thì doanh nghiệp có thể đề nghị hoàn thuế từng quý.
3- Đối với cơ sở kinh doanh thuộc đối tượng nộp thuế theo phương pháp khấu trừ thuế có dự án đầu tư của cơ sở sản xuất đang trong giai đoạn đầu tư, chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, đăng ký nộp thuế, có số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho dự án đầu tư từ 200 triệu đồng trở lên được xét hoàn thuế theo quý. Cơ sở kinh doanh phải kê khai, lập hồ sơ hoàn thuế riêng cho dự án đầu tư.
4- Cơ sở kinh doanh quyết toán thuế khi sáp nhập, hợp nhất, chia tách, giải thể, phá sản, chuyển đổi sở hữu; giao, bán, khoán, cho thuê doanh nghiệp Nhà nước có thuế GTGT nộp thừa, số thuế GTGT đầu vào chưa đuợc khấu trừ hết.
5- Cơ sở kinh doanh được hoàn thuế theo quyết định của cơ quan có thẩm quyền theo quy định của pháp luật.
6- Việc hoàn thuế GTGT đã trả đối với các dự án sử dụng vốn ODA như sau:
- Chủ dự án sử dụng vốn ODA không hoàn lại, dự án sử dụng vốn ODA vay hoặc vốn ODA hỗn hợp thuộc đối tượng được NSNN đầu tư không hoàn trả toàn bộ hoặc một phần được hoàn thuế GTGT của hàng hoá, dịch vụ mua vào sử dụng cho dự án. Số thuế GTGT được hoàn là số thuế GTGT ghi trên hóa đơn GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào.
- Trường hợp chủ dự án nêu trên không được NSNN bố trí vốn đối ứng để thanh toán tiền thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho dự án; chủ dự án giao thầu cho các nhà thầu chính thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ thuế cung cấp các hàng hoá, dịch vụ theo giá không có thuế GTGT, thì nhà thầu chính được tính khấu trừ, hoàn thuế GTGT đầu vào của hàng hoá, dịch vụ cung cấp cho dự án.
Ví dụ 1: Công ty xây dựng A thực hiện xây dựng công trình của dự án B sử dụng nguồn vốn viện trợ không hoàn lại theo giá thầu ký với chủ dự án, giá trị xây lắp không có thuế GTGT là 4 tỷ đồng. Chủ dự án B không được NSNN bố trí vốn đối ứng để thanh toán theo giá có thuế GTGT. Chủ dự án B trực tiếp mua thiết bị trong nước để giao cho Công ty A lắp đặt, giá mua thiết bị chưa có thuế GTGT là 1 tỷ đồng, thuế GTGT là 100 triệu đồng.
Nếu Công ty A được thanh toán theo giá nhận thầu không có thuế GTGT là 4 tỷ thì Công ty A được khấu trừ thuế GTGT đầu vào của hàng hoá, vật tư mua vào phục vụ cho xây dựng dự án công trình B.
Chủ dự án B được hoàn thuế GTGT đầu vào của thiết bị mua trong nước là 100 triệu đồng.
Ví dụ 2 : Công ty xây dựng M thực hiện xây lắp công trình của dự án C sử dụng nguồn vốn ODA vay, dự án thuộc đối tượng được Ngân sách Nhà nước đầu tư không hoàn trả, giá trị xây lắp không có thuế GTGT là 5 tỷ đồng, thuế GTGT 10% là 500 triệu đồng. Chủ dự án B nhập khẩu thiết bị để giao cho Công ty M lắp đặt, giá nhập khẩu thiết bị chưa có thuế GTGT là 2 tỷ đồng, thuế GTGT là 200 triệu đồng. Chủ dự án B được hoàn thuế GTGT đầu vào là 700 triệu đồng.
Các chủ dự án sử dụng nguồn vốn ODA thuộc đối tượng được hoàn thuế, phải ghi tăng vốn ngân sách cấp cho dự án số tiền thuế GTGT đã được hoàn. Khi tính kế hoạch vốn đối ứng hàng năm cho dự án không phải tính kế hoạch vốn đối ứng để nộp thuế GTGT.
Trường hợp các chủ dự án được NSNN bố trí vốn đối ứng để thanh toán cho nhà thầu theo giá có thuế GTGT, thì các nhà thầu khi bán hàng hóa, dịch vụ cho dự án phải tính thuế và kê khai nộp thuế GTGT theo quy định.
7- Tổ chức ở Việt Nam sử dụng tiền viện trợ nhân đạo, viện trợ không hoàn lại của tổ chức, cá nhân nước ngoài để mua hàng hoá tại Việt Nam để viện trợ thì được hoàn lại tiền thuế GTGT đã trả ghi trên hoá đơn GTGT khi mua hàng.
Ví dụ: Hội chữ thập đỏ được Tổ chức quốc tế viện trợ tiền để mua hàng viện trợ nhân đạo cho nhân dân các tỉnh bị thiên tai là 200 triệu đồng. Giá trị hàng mua chưa có thuế là 200 triệu đồng, thuế GTGT là 10 triệu đồng. Hội chữ thập đỏ sẽ được hoàn thuế theo quy định là 10 triệu đồng.
Các cơ sở kinh doanh, tổ chức thuộc đối tượng được hoàn thuế GTGT theo quy định tại Mục I này phải là đối tượng đã được cấp giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh (giấy phép đầu tư), có con dấu, lưu giữ sổ sách, chứng từ kế toán theo chế độ quy định và có tài khoản tiền gửi tại ngân hàng.
Các trường hợp cơ sở kinh doanh đã lập hồ sơ đề nghị hoàn thuế thì không được kết chuyển số thuế đầu vào đã đề nghị hoàn thuế vào số thuế được khấu trừ của tháng tiếp sau thời gian đã lập hồ sơ hoàn thuế.
Trường hợp tháng trước thời gian xin hoàn thuế cơ sở có số thuế GTGT nộp thừa thì cơ sở được tính cộng thuế GTGT nộp thừa vào số thuế GTGT đề nghị hoàn trong kỳ, trường hợp cơ sở có số thuế nộp thiếu thì phải nộp đủ số thuế còn thiếu vào NSNN trước khi được hoàn thuế.
8- Đối tượng được hưởng ưu đãi miễn trừ ngoại giao theo Pháp lệnh về ưu đãi miễn trừ ngoại giao mua hàng hóa, dịch vụ tại Việt Nam được hoàn lại số thuế GTGT đã trả ghi trên hóa đơn GTGT. Cơ sở kinh doanh tại Việt Nam bán hàng hóa, dịch vụ cho các đối tượng này khi lập hóa đơn GTGT vẫn phải tính thuế GTGT. Đối tượng, hàng hóa, dịch vụ, thủ tục hồ sơ hoàn thuế cho trường hợp này theo hướng dẫn tại Thông tư số 08/2003/TT-BTC ngày 15/1/2003.
