1. Kiểm tra thuế tại trụ sở cơ quan thuế
1.1. Công chức thuế thực hiện việc kiểm tra nội dung kê khai trong hồ sơ thuế, đối chiếu với cơ sở dữ liệu của người nộp thuế và tài liệu có liên quan về người nộp thuế, so sánh với dữ liệu của người nộp thuế cùng ngành nghề, mặt hàng kinh doanh để phân tích, đánh giá tính tuân thủ hoặc phát hiện các trường hợp khai chưa đầy đủ dẫn tới việc thiếu thuế hoặc trốn thuế, gian lận thuế.
Sau khi kiểm tra, công chức thuế xác nhận kết quả kiểm tra thuế vào hồ sơ thuế theo một trong các trường hợp:
- Đối với hồ sơ khai đầy đủ nội dung trong hồ sơ và bảo đảm tính đầy đủ, chính xác của các thông tin, tài liệu trong hồ sơ thuế, không có dấu hiệu vi phạm thì chấp nhận;
- Trường hợp phát hiện trong hồ sơ chưa đủ tài liệu theo quy định hoặc khai chưa đầy đủ các chỉ tiêu theo quy định thì cơ quan thuế thông báo cho người nộp thuế biết để hoàn chỉnh hồ sơ. Đối với trường hợp nhận hồ sơ trực tiếp tại cơ quan thuế, công chức thuế tiếp nhận hồ sơ có trách nhiệm thông báo, hướng dẫn trực tiếp cho người nộp hồ sơ. Đối với trường hợp tiếp nhận hồ sơ qua đường bưu chính hoặc thông qua giao dịch điện tử, cơ quan thuế phải ra thông báo bằng văn bản trong thời hạn ba ngày làm việc kể từ ngày nhận hồ sơ.
- Đối với hồ sơ cần được làm rõ thì ghi rõ nội dung để kiểm tra tiếp.
1.2. Kiểm tra để làm rõ nội dung cần bổ sung trong hồ sơ thuế:
1.2.1. Trường hợp qua kiểm tra, đối chiếu, so sánh, phân tích xét thấy có nội dung khai chưa đúng, số liệu khai không chính xác hoặc có những nội dung cần xác minh liên quan đến số tiền thuế phải nộp, số tiền thuế được miễn, số tiền thuế được giảm, số tiền thuế được hoàn, cơ quan thuế ra Thông báo bằng văn bản đề nghị người nộp thuế giải trình hoặc bổ sung thông tin, tài liệu theo mẫu số 01/KTTT ban hành kèm theo Thông tư này.
Thời gian giải trình hoặc bổ sung thông tin, tài liệu trong hồ sơ thuế không quá mười ngày. Người nộp thuế có thể đến cơ quan thuế giải trình trực tiếp hoặc bổ sung thông tin, tài liệu hoặc bằng văn bản.
Trường hợp người nộp thuế giải trình trực tiếp tại cơ quan thuế thì phải lập Biên bản làm việc theo mẫu số 02/KTTT ban hành kèm theo Thông tư này.
1.2.2. Sau khi người nộp thuế đã giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu theo yêu cầu của cơ quan thuế:
- Trường hợp người nộp thuế đã giải trình hoặc bổ sung thông tin, tài liệu đầy đủ theo yêu cầu của cơ quan thuế và chứng minh số thuế đã khai là đúng thì hồ sơ thuế được chấp nhận.
- Trường hợp người nộp thuế đã giải trình hoặc bổ sung thông tin, tài liệu mà không đủ căn cứ chứng minh số thuế đã khai là đúng thì cơ quan thuế yêu cầu người nộp thuế khai bổ sung. Thời hạn khai bổ sung là năm ngày kể từ ngày cơ quan thuế có thông báo yêu cầu khai bổ sung.
- Trường hợp hết thời hạn theo thông báo của cơ quan thuế mà người nộp thuế không giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu; hoặc không khai bổ sung hồ sơ thuế; hoặc giải trình, khai bổ sung hồ sơ thuế nhưng không chứng minh được số thuế đã khai là đúng thì cơ quan thuế:
+ Ấn định số thuế phải nộp và thông báo cho người nộp thuế biết theo mẫu 01/AĐTH ban hành kèm theo Thông tư này; hoặc
+ Ra quyết định kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế nếu không đủ căn cứ để ấn định số thuế phải nộp. Quyết định kiểm tra thuế tại trụ sở của người nộp thuế theo mẫu số 03/KTTT ban hành kèm theo Thông tư này.
