Khách hàng của bạn không nhận hoá đơn đó là đúng rồi, bởi vì quá 3 tháng họ đâu có khấu trừ được đâu. Còn TH của bạn mình nghĩ cũng sẽ gặp rắc rối khi bạn quyết toán đây, bởi vì đã xuất hoá đơn và bạn đã kê khai từ 6 tháng trước mà bây giờ mới đưa cho khách hàng? Mình không biết tại sao bạn lại có thể để TH này xảy ra được nhỉ? Nhưng mọi việc đã như vậy thì bạn phải làm biên bản với khách hàng của bạn, trong đó nêu rõ do sơ suất của kế toán bên bạn, nên đã gởi thiếu hoá đơn này ( lý do này hơi khập khiểng, bởi vì khách hàng của bạn khi nhập hàng vào thì phải có hoá đơn chứ?!) và cũng nêu rõ là cty bạn cũng đã kê khai thuế đầu ra ở tháng ... rồi, với những lý do trên nên cty bạn cần huỷ hoá đơn ( nêu rõ số seri-số Hđơn-ngày hoá đơn cần huỷ) để xuất lại cho khách hàng bạn hoá đơn khác (nêu rõ số seri-số Hđơn-ngày HĐ xuất thay thế). Sau đó trong bảng kê đầu ra bạn sẽ ghi âm lại giá trị và thuế của hoá đơn bạn đã huỷ và kê khai vào hoá đơn bạn mới xuất ( như vậy phần DT và thuế của bạn không thay đổi). Về hạch toán kế toán, bạn cũng hạch toán âm như vậy thì mình nghĩ sẽ đỡ rắc rối hơn cho bạn về kê khai cũng như theo dõi trên tài khoản phát sinh.
Trên đây là ý riêng của mình, nếu bạn nào có ý kiến khác thì tham gia để giúp bạn ấy nhé!