Tại điểm 1.3, mục I, phần I Thông tư số 68/2001/TT-BTC ngày 24-8-2001 của Bộ Tài chính hướng dẫn hoàn trả các khoản thu đã nộp NSNN quy định:
“Doanh nghiệp, tổ chức, cá nhân (dưới đây gọi chung là đơn vị) được cơ quan tài chính hoàn trả các khoản thu đã nộp ngân sách nhà nước (tài khoản 741), khi có đủ các điều kiện sau:
1.3. Khoản thu được hoàn trả không thực hiện được bằng hình thức bù trừ vào khoản thu phát sinh phải nộp ngân sách kỳ sau của đơn vị hoặc đã thực hiện bù trừ nhưng vẫn còn phải hoàn trả từ ngân sách nhà nước”.
Tại điểm 4, phần II Thông tư số 68/2001/TT-BTC ngày 24-8-2001 của Bộ Tài chính hướng dẫn hoàn trả các khoản thu đã nộp NSNN quy định:
“Trường hợp đơn vị được hoàn trả còn nợ ngân sách nhà nước (đối với các khoản thu không cùng tính chất), trong công văn đề nghị của cơ quan thu gửi cơ quan tài chính phải ghi rõ và chi tiết nội dung số tiền các khoản còn nợ ngân sách nhà nước và chi tiết nội dung số tiền được ngân sách nhà nước hoàn trả. Cơ quan tài chính xem xét và thực hiện hoàn trả cho đơn vị, đồng thời thay đơn vị nộp ngân sách nhà nước”.
Căn cứ hướng dẫn nêu trên, doanh nghiệp nộp thừa tiền thuế TNDN vào NSNN nhưng kỳ tiếp theo doanh nghiệp kinh doanh thua lỗ nên không thực hiện được bằng hình thức bù trừ vào khoản thu phát sinh phải nộp ngân sách kỳ sau thì được hoàn trả số thuế TNDN đã nộp thừa. Trường hợp doanh nghiệp còn nợ tiền thuế GTGT thì cơ quan thuế phải kết hợp việc hoàn trả số thuế TNDN nộp thừa với việc thu nợ thuế GTGT.